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砧木直接影响着果树的树冠、长势、结果性状及抗性，因此选用优良砧木。砧木主要分为两大类，一类是乔砧，新疆野苹果、楸子、西府海棠和平邑甜茶等；另一类是矮化砧，GM256、SH系、M26、M9-T337等。选择砧木有两个关键点，一是砧穗亲和力好，即砧木要与品种嫁接表现好；二是因地适砧，不同气候条件选择适宜砧木。东北、新疆等寒冷地区选乔砧或抗寒矮化砧，如GM256、B9、SH系；洛川以北延安以南可选择B9、SH系等，洛川以南选择M9-T337、M26等。
苹果树苗栽植前需要经过一些步骤的处理才容易成活，比如:在水里浸泡24~48小时，用400倍液的多菌灵消毒枝条，300倍液的甲基托布津消毒根系，100倍液的硫酸铜蘸根可以很好的防治苹果的根瘤，注意栽植的时候最好少带几个叶减少树苗的蒸腾作用，可以喷施6%~10%的尿素促使树苗落叶。
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土壤:在土壤方面，苹果适于土层深厚、排水良好和富含有机质的沙质壤土。土壤酸碱度（PH值）以微酸性到中性为宜。土壤通气不良时，根系生长受阻。PH7.8以上时，易发生缺素失绿现象。对土壤的耐盐力低于0.15％。新建果园一律采用新砧木新品种，推荐苹果苗使用砧木沂蒙山独有的野生甜茶砧木，本地名（甜茶具有野生程度高，土壤适应性强抗病抗旱涝均适应多范围气温条件寿命长）为提高新建果园质量，严格整地，施足底肥，栽植前按所需密度挖定值坑，规格为0.6mx0.6m深为0.6m，底土与表土分开，施底肥/亩施肥1500kg-2000kg，根据当地土壤可多施带有细沙土的有机肥，与表土混合回填至与地面15cm，踩实，充分利用土地资源，株行距2mx2m，也可挖定植沟0.6mx0.6m，栽植前3-4天穴内灌水，种植前在配有700倍甲基托布津或500倍多菌灵的溶液中浸泡一昼夜，使之充分吸收水分和对 苗木。浸泡后的苗木根系，放到配有生根粉的泥浆中浸蘸一下载植，栽植后及时浇水，覆土盖地膜保湿，过涝时及时排水以防苗木发黄和粪水流失。
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种:在大木桶里放1.5千克过磷酸钙，然后加水50千克，再加细黄土10千克，用木棍搅匀即可使用。第二种:用稀塘泥50千克，过磷酸钙1千克，尿素150克，充分搅匀待用。第三种:用磷酸二氢钾100克，溶于7.5千克的水中，再加7.5千克细黄土调成糊状即可。 把刚挖出的苗木根部放在上述肥液中浸半小时即可栽植；若为长途运输或假植的苗木，根部至少浸1小时方能定植。把苗放入定植穴或槽内，并且纵、横方向对齐，再开始埋土。在埋土过程中，用手轻轻把苗木稍向上提动，使根系充分舒展。乔砧苗，埋土顶部在根茎处（与原来在苗圃中的入土位置相同）；矮化砧苗，中间砧入土深度因砧号和当地肥水条件不同而有差别。