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在新栽果树中，常常会发现苗木不枯死，但迟迟不发芽，细看起来，皮不皱、梢不干，枝条软软的并没有死；有的即使发了芽，却久久长不大，这便是所说的“僵苗”。果树一旦发生“僵苗”现象，不但会影响其当年生长、延迟结果期，如不及时处理，还会造成大量死亡，直接影响果品产量。果树出现"僵苗"的原因苗木移栽时伤根太多，尤其是须根损伤严重，定植后吸收水分和养分，导致整棵树的地上部分和地下部分生理机能失调。
新栽植苹果树苗成活率的高低，受很多因素的影响。选择合适的肥料并正确施入，对树苗的成活起着关键的作用。在每年的建园栽树过程中，因未选择正确的肥料及施肥方法不对，造成苗木产生肥害伤根的现象非常多，严重时引起大片树苗死亡，大大降低树苗的成活率。
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危害特征:苹果炭疽病在高温多雨的地区或年份发病严重，主要为害果实，引起腐烂和大量落果。病菌在病果、小僵果以及病枯枝上越冬，次年形成分生孢子借风雨传播。防治方法:结合冬季修剪，彻底清除病僵果和病枯枝。萌芽时全树喷二氯萘醌50信液或福美砷100倍液进行铲除。生长期用1:(2-3):200倍波尔多液与50％退菌特600-800倍液交替喷布，保护果实。果园防护林忌用刺槐树种。危害特征:苹果轮纹病主要为害枝干和果实，严重时削弱树势，引起落果。有潜伏浸染特性，果实受侵染后，多在近成熟期和贮藏初期发病。多雨地区和多雨年份发病重。苹果品种中以富士受害重，次为金冠。生长季节中，孢子随风雨传插。
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近年来，苹果花叶病、锈果病等病的发生呈逐年加重趋势，病的果园，树势衰退，产量下降，严重的果园只能进行刨树清园，给果农造成的损失巨大。因此在选购苗木时，千万不要只关注品种好坏，要选购植株长势健壮、果实品质好的脱毒良种苗木；老龄重茬改造果园或土壤瘠薄的丘陵山地，更是要选择脱毒苗木。近年来，很多果农为提高果园效益，减少了授粉品种的量，甚至不种植授粉品种。在花期温度正常的年份，有壁蜂授粉，能满足正常的授粉率和果园产量。但如果遇到花期温度高或者大风天气，花开的快，花期变短，如果果园内授粉树不足，就会严重影响果园产量。同时，如果授粉树充足，果形会比较端正，偏斜果率低。因此，在选购苗木时，配置一定比例的授粉品种，并注意授粉品种的科学搭配。